앞서 언급된 갑작스럽게 발병하는 배탈과는 달리, 만성 장 질환은 더 느리게 나타나며 오래 지속되는 경향이 있습니다.
설사와 체중 감소가 흔한 징후입니다. 또한, 이 질환 역시 사료 부작용, 면역 반응, 유전적 요인 등 여러 가지 다른 원인으로 인해 유발될 수 있습니다.

결장은 대장의 일부이며, 이 결장에 염증이 생기는 것을 대장염이라고 부릅니다. 대장염은 일반적으로 매우 특징적이며 대부분의 고양이가 동일한 징후를 보입니다. 구체적으로는 급하게 배변을 하고 싶어 하는 것처럼 보이거나, 힘을 주어 배변을 시도하지만 변이 많이 나오지 않을 수 있습니다. 또한, 대장염의 전형적인 징후 중 하나는 변에 피가 섞이거나 끈적한 점액이 섞여 나오는 것입니다.

사람과 마찬가지로 고양이도 변비에 걸리면 배변이 어려워지고 화장실에 가는 횟수가 훨씬 줄어들 수 있습니다. 변비는 여러 가지 원인으로 발생할 수 있습니다. 뼈, 깃털, 털을 먹으면 변이 딱딱해져 배출이 어려워질 수 있으며, 특히 장모종 고양이의 경우 털이 많거나 장운동이 둔하면 변이 건조해지고 배출이 어려워질 수 있습니다. 샴고양이와 같은 일부 품종은 다른 품종보다 장 운동 둔화에 더 취약합니다. 이러한 상황은 거대결장증이라는 질환을 유발할 수 있습니다.

고양이에게 이 질환은 복잡한 질환이며, 모호한 징후들로 인해 진단하기 어려울 수 있습니다. 이러한 징후에는 구토, 무기력, 식욕 부진 등이 포함됩니다. 고양이의 경우, 이 질환은 간헐적으로 나타나며, 종종 음식 부작용이나 염증성 장 질환과 같은 다른 질환과 동반됩니다.

고양이는 여러 가지 이유로 특정 음식에 부정적 반응을 보일 수 있으며, 우리는 이를 통틀어 사료 부작용(adverse food reactions)이라고 부릅니다.
진정한 음식 알레르기는 사람들이 생각하는 것보다 더 드물며, 주로 닭고기, 생선, 우유 등 식품 속 단백질에 의해 발생하는 경향이 있습니다. 음식 알레르기는 구토와 설사를 유발할 수 있으며, 가려움증이나 과도한 그루밍 같은 피부 문제도 유발할 수 있습니다.